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Fundado el 14 de enero de 1759 con el nombre de El Rincón del Mico. Por los peligros del río Chichinguara, trasladaron la aldea con el nombre de Santo Domingo. Mediante solicitud a la Gobernación Política de Comayagua los vecinos pidieron se les concediera la categoría de municipio. El 14 de enero de 1859 se le concedió el rango de municipio bajo el nombre de San Sebastián. Perteneció al departamento de La Paz, y a partir de 1877 fue anexado a Comayagua. En 1890 se construyó la iglesia parroquial .
El 20 de enero, día de San Sebastián.
1998: 2.986
1999: 3.077
2000: 3.170